Sihtasutuse Eesti Teadusagentuuri nõukogu on juhtorgan, mis kavandab teadusagentuuri tegevust, korraldab juhtimist ja tegeleb järelevalvega. Nõukogu liikmed määrab ja kutsub tagasi haridus- ja teadusminister. Nõukogu liikme volitused kestavad viis aastat.
Nõukogu koosseis:
- Renno Veinthal, Haridus- ja Teadusministeerium, teadus- ja arendustegevuse ning kõrg- ja kutsehariduse poliitika asekantsler (nõukogu esimees)
- Agu Leinfeld – AS Datel, Sensetech divisjoni direktor;
- Tuuli Levandi – Rahandusministeerium, strateegia talituse nõunik;
- Toivo Maimets – Tartu Ülikooli professor;
- Jakob Kübarsepp – Tallinna Tehnikaülikooli professor, Eesti Teaduste Akadeemia liige;
- Anu Toots – Tallinna Ülikooli professor
- Sille Kraam – Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium, majandusarengu asekantsler.
