Sihtasutuse Eesti Teadusagentuuri nõukogu on juhtorgan, mis kavandab teadusagentuuri tegevust, korraldab juhtimist ja tegeleb järelevalvega. Nõukogu liikmed määrab ja kutsub tagasi haridus- ja teadusminister. Nõukogu liikme volituste tähtaeg on viis aastat.
Nõukogu koosseis:
- Indrek Reimand – Haridus- ja Teadusministeerium, kõrghariduse ja teaduse asekantsler; nõukogu esimees
- Teet Jagomägi – Reach-U juhatuse esimees;
- Joonas Pärenson – Rahandusministeerium, riigieelarve osakonna nõunik;
- Toivo Maimets – Tartu Ülikooli professor;
- Kaupo Reede – Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium, majandusarengu osakonna juhataja
- Jakob Kübarsepp – Tallinna Tehnikaülikooli professor, Eesti Teaduste Akadeemia liige;
- Anu Toots – Tallinna Ülikooli professor.
