Riikidevahelised koostööprogrammid pakuvad võimalusi teaduskoostöö rahastamiseks. Nii pakub Eesti-Taiwani koostööprogramm reisigrante Taiwani teadusasutustesse, Jaapani Teaduse Edendamise Ühing (JSPS) järeldoktori grante teadustööks Jaapanis ning PARROT programm reisigrante koostööks Prantsuse teadlastega.
Eesti-Taiwani koostööprogramm
ETAGi ja Taiwani Riikliku Teadusnõukogu vahel sõlmiti koostööleping 2012. aastal. Koostööprogrammi eesmärk on erinevate meetmete kaudu soodustada ning arendada kõrgetasemelist teadus- ja tehnoloogiaalast koostööd (kõikides fundamentaal- ning rakendusteaduse valdkondades) Eesti ja Taiwani teadlaste vahel. Igal aastal kuulutatakse välja ühine avalik konkurss, mille tulemusena antakse mõlema riigi teadlastele kuni kolm reisigranti kestusega kuni kaks nädalat. Esitatavad taotlused ei pea olema kahe riigi teadlaste ühisprojektid, kuid lähetataval peavad olema loodud eelnevalt sidemed võõrustajaga. Taotlused esitatakse oma maa rahastavale organisatsioonile, kes hindab neid ning valib välja rahastatavad projektid.
Jaapani Teaduste Edendamise Ühingu (JSPS) järeldoktorite stipendiumide konkurss teadustööks Jaapanis
Eesti Teadusagentuuri ja Jaapani Teaduse Edendamise Ühingu (Japanese Society for Promotion of Science, JSPS) koostöös toimub igal aastal järeldoktorite stipendiumide konkurss teadustööks Jaapanis. Programmi eesmärk on edendada rahvusvahelist koostööd ja vastastikust mõistmist läbi teadustöö Jaapanis. Teadustöö valdkondadeks on kõik humanitaar-, sotsiaal- ja loodusteaduste valdkonnad. Stipendiumi kestuseks on 12 kuni 24 kuud. Iga-aastase konkursi kuulutab Eesti Teadusagentuur välja pärast vastava kinnituse saamist Jaapanist tähtajaga märts-mai. Grandi algus jääb oktoobrisse-novembrisse.
Eesti-Prantsuse koostööprogramm “G. F. PARROT”
Koostööprogrammi eesmärgiks on soodustada ning arendada kõrgetasemelist teadus- ja tehnoloogiaalast koostööd Eesti ja Prantsusmaa teadlaste vahel ning toetada eelkõige uusi koostööprojekte. Selle raames kuulutatakse regulaarselt igal paaris aastal välja avalik reisigrantide konkurss, millele võivad projekte esitada kõik teaduslaborid ja uurimisgrupid, mis kuuluvad kõrgkoolide, teadusasutuste või ettevõtete koosseisu. Konkurss hõlmab kõiki teadusvaldkondi. Doktorantide ning noorteadlaste kaasamine projektides on programmi jaoks prioriteetne. Hindamisel välja valitud ühisprojektide kestuseks on kaks aastat.